At opklare slægtskabet mellem de forskellige dyregrupper har været et problem for zoologer i  mere end et århundrede, og vi ved ikke om vi nogensinde løser problemet. Dog bliver vores metoder bedre og bedre og i dag forsøger mange videnskabsmænd at kombinere information fra molekyler (RNA og DNA) og fra morfologien. Træet nedenfor viser hvor Gnathifera muligvis kan være placeret i dyreriget. Træet er en kombination af nogle af de nyeste fylogenetiske analyser, men det er for overblikkets simplificeret en smule idet enkelte grupper er udeladt mens andre er slået sammen i store overrækker. Den første gruppe som splitter ud er Deuterostomia, som blandt andet indeholder hvirveldyrene og pighude. Efter deuterostomerne grener Ecdysozoa fra. Ecdysozoa er en gruppe af dyr som har regelmæssigt hudskifte og indeholder blandt andet leddyr, bjørnedyr og rundorme. Den næste gruppe som splitter ud er trochozoerne som omfatter ledorme og bløddyr (muslinger, snegle, osv.). De tre resterende grupper kaldes tilsammen Platyzoa, og inden i Platyzoa er Gnathifera søstergruppe til de mikroskopiske orm Gastrotricha og fladormene.